28 мая 2013 года, в день памяти святого благоверного царевича Димитрия, Угличского и Московского, Блаженнейший Патриарх Иерусалимский и всей Палестины Феофил III и Святейший Патриарх Московский и всея Руси Кирилл посетили Кронштадт, где совершили чин великого освящения Кронштадтского Морского собора во имя святителя Николая Чудотворца после капитальной реставрации и Божественную литургию в новоосвященном храме. Утром Блаженнейший Патриарх Феофил прибыл в Иоанновский ставропигиальный женский монастырь на Карповке — официальную резиденцию Предстоятеля Русской Церкви в дни его визитов в Санкт-Петербург. В нижнем храме-усыпальнице св. прав. Иоанна Кронштадтского, освященном в честь пророка Божия Илии и святой царицы Феодоры, Блаженнейший Феофил и Святейший Патриарх Кирилл совершили молитву и поклонились честным мощам святого праведного Иоанна Кронштадтского.
Затем Предстоятели Иерусалимской и Русской Православных Церквей направились в Кронштадт, где на Якорной площади перед главным храмом Российского флота — Кронштадтским Морским собором — их встречали выстроившиеся праздничным строем военнослужащие, в том числе военные моряки всех четырех флотов и Каспийской флотилии со своими боевыми знаменами. Блаженнейший Патриарх Феофил и Святейший Патриарх Кирилл прошли вдоль строя.
У западных врат собора Предстоятелей встречали полномочный представитель Президента РФ в Центральном федеральном округе А.Д. Беглов, полномочный представитель Президента РФ в Северо-Западном федеральном округе В.И. Булавин, губернатор Санкт-Петербурга Г.С. Полтавченко, главнокомандующий Военно-морским флотом РФ адмирал В.В. Чирков.
Блаженнейший Патриарх Феофил и Святейший Патриарх Кирилл совершили чин великого освящения Морского собора и Божественную литургию.
Его Блаженству и Его Святейшеству сослужили: митрополит Санкт-Петербургский и Ладожский Владимир; митрополит Крутицкий и Коломенский Ювеналий; митрополит Астанайский и Казахстанский Александр; митрополит Саранский и Мордовский Варсонофий, управляющий делами Московской Патриархии; митрополит Волоколамский Иларион, председатель Отдела внешних церковных связей Московского Патриархата; епископ Петергофский Амвросий, ректор Санкт-Петербургских духовных школ; епископ Выборгский и Приозерский Игнатий, председатель Синодального отдела по делам молодежи; епископ Царскосельский Маркелл; епископ Солнечногорский Сергий, руководитель Административного секретариата Московской Патриархии; епископ Подольский Тихон, председатель Финансово-хозяйственного управления Московского Патриархата; епископ Кронштадтский Назарий, наместник Свято-Троицкой Александро-Невской лавры; епископ Тихвинский и Лодейнопольский Мстислав; епископ Гатчинский и Лужский Митрофан; архимандрит Исидор (Минаев), начальник Русской духовной миссии в Иерусалиме; протоиерей Александр Агейкин, настоятель Богоявленского кафедрального собора г. Москвы; протоиерей Павел Красноцветов, настоятель Казанского кафедрального собора г. Санкт-Петербурга; протоиерей Святослав Мельник, настоятель Кронштадтского Морского собора; протоиерей Богдан Сойко, настоятель Николо-Богоявленского Морского собора г. Санкт-Петербурга; духовенство Санкт-Петербургской митрополии.
Среди сослужащих были члены делегации, сопровождающей Блаженнейшего Патриарха Феофила, — митрополит Назаретский Кириак, генеральный секретарь Иерусалимской Патриархии архиепископ Константинский Аристарх, Патриарший наместник в Вифлееме архиепископ Иорданский Феофилакт, представитель Блаженнейшего Патриарха Иерусалимского при Московском Патриаршем престоле архимандрит Стефан (Диспиракис), игумен монастыря в Рамалле архимандрит Галактион (Авар), архидиакон Афанасий (Фемистоклеос).
В алтаре собора молились представители Элладской Православной Церкви — главный секретарь митрополии Салоник, игумен монастыря святой Феодоры в Салониках архимандрит Давид (Тзиумакос) и настоятель храма святого великомученика Димитрия Солунского в Салониках архимандрит Иаков (Афанасиу).
На богослужении присутствовали министр культуры РФ В.Р. Мединский, полномочный представитель Президента РФ в Центральном федеральном округе А.Д. Беглов, полномочный представитель Президента РФ в Северо-Западном федеральном округе В.И. Булавин, губернатор Санкт-Петербурга Г.С. Полтавченко, губернатор Ленинградской области А.Ю. Дрозденко, главнокомандующий Военно-морским флотом РФ адмирал В.В. Чирков, командующие флотами: Тихоокеанским — вице-адмирал С.И. Авакянц, Балтийским — вице-адмирал В.П. Кравчук, Черноморским — вице-адмирал А.В. Витко, Каспийской флотилией — вице-адмирал С.Г Алекминский, а также председатель Попечительского совета Целевой комплексной программы «Духовно-нравственная культура подрастающего поколения России» С.В. Медведева, члены Общественно-попечительского совета Кронштадтского Морского собора во имя святителя Николая Чудотворца, члены Комиссии по художественному убранству собора, реставраторы, художники, строители, участвовавшие в возрождении кронштадтской святыни.
Пел хор Исаакиевского собора г. Санкт-Петербурга (регент — Лев Дунаев).
Богослужение транслировалось по городскому каналу Санкт-Петербурга и на мониторы, установленные внутри храма и на Якорной площади.
По окончании Литургии Святейший Патриарх Московский и всея Руси Кирилл обратился к собравшимся с Первосвятительским словом.
Предстоятель Русской Церкви приветствовал Патриарха Феофила и, поблагодарив «за жертвенное служение Церкви Православной в Святом Граде, за заботу о паломниках, приезжающих со Святой Руси в Палестину, за любовь к Церкви Русской и к народу нашему», в память о богослужении преподнес Его Блаженству Феодоровскую икону Божией Матери — точную копию исторического Феодоровского образа.
В дар собору Святейший Патриарх Кирилл передал икону Воскрешения Лазаря и мастерок, который держал в руках святой праведный Иоанн Кронштадтский, когда совершал закладку Морского Кронштадтского собора 1 (14) сентября 1902 года. Также от лица благотворителей собору были переданы частица мощей святителя Николая и миро из Бари, копия лампады, которая находится в крипте базилики свт. Николая в Бари, частицы мощей двенадцати апостолов и частица Животворящего Креста Господня. Предстоятель Русской Церкви благословил раздать всем участникам богослужения иконки святителя Николая Чудотворца.
Затем прозвучало слово Блаженнейшего Патриарха Феофила,который передал в дар собору перламутровый крест.
Также к собравшимся обратилась С.М. Медведева.
Святейший Патриарх Кирилл во внимание к трудам по восстановлению Кронштадтского Морского собора вручил высокие церковные награды ряду благотворителей и попечителей. А.Д. Беглов был удостоен ордена преподобного Сергия Радонежского I степени.
«Я хотел бы особенно отметить тех санкт-петербуржцев, которые по душевному своему влечению приняли участие в возрождении и финансировании этого храма, — сказал также Патриарх Кирилл. — Низкий вам поклон и благословение».
Далее Предстоятели Иерусалимской и Русской Церквей вышли на западное крыльцо храма. Святейший Патриарх Кирилл обратился с Первосвятительским словом к военнослужащим, жителям и гостям Кронштадта. А.Д. Беглов огласил приветствие Президента России В.В. Путина. Выступили С.В. Медведева и адмирал В.В.Чирков.
На Якорной площади состоялось торжественное прохождение войск. В параде участвовали рота почетного караула Западного военного округа, слушатели Высших специальных офицерских классов ВМФ, парадные расчеты Тихоокеанского, Северного, Балтийского, Черноморского флотов и Каспийской флотилии, кадеты Кронштадтского морского кадетского корпуса и воспитанники Нахимовского военно-морского училища, подразделение 336-й отдельной гвардейской Белостокской орденов Суворова и Александра Невского бригады морской пехоты Балтийского флота. Парадом командовал вице-адмирал Л.В. Суханов. Музыкальное сопровождение прохождения парадных расчетов обеспечил Адмиралтейский оркестр.
Затем Блаженнейший Патриарх Феофил и С.В. Медведева посетили открытие выставки детского рисунка «Посвящение Кронштадту» в северо-западной части Морского собора.
На площади перед собором состоялся праздничный концерт и фейерверк.